Bidang kesiswaan SMK Negeri 13 Malang menyelenggarakan kegiatan ekstrakurikuler atau ekskul yang merupakan kegiatan tambahan yang dilakukan di luar jam pelajaran yang dilakukan baik di sekolah atau di luar sekolah dengan tujuan untuk mendapatkan tambahan pengetahuan, keterampilan dan wawasan serta membantu membentuk karakter peserta didik. Kegiatan Ekskul terdiri dari ekskul wajib dan pilihan.

Ekskul wajib merupakan ekskul yang berupa pendidikan karakter dan peningkatan disiplin taruna sesuai dengan basis sekolah yaitu berbasis taruna. Bersama LANAL Malang, SMK Negeri 13 Malang melaksanakan pendidikan karakter siswa dalam Latihan Dasar Ketarunaan. Selain ketarunaan SMK Negeri 13 Malang juga melaksanakan pendidikan Kepramukaan dengan sistem blok khusus untuk kelas X.

Selain ekskul wajib, taruna juga dapat mengembangkan minat dan bakatnya melalui ekskul pilihan diantaranya:

1. Ekskul Korsik/ Marching Band
2. Al Banjari
3. Palang Merah Remaja (PMR)
4. Broadcasting Jurnalistik & Teater
5. Pramuka
6. Tari Tradisional
7. Futsal
8. Bola Basket
9. Beladiri/ Silat