SMK Negeri 13 Kota Malang Berbasis Taruna berlokasi di Perum Vila Bukit Tidar Blok A2 No. 13 Kelurahan Merjosari Kecamatan Lowokwaru Kota Malang menempati lahan seluas 3 hektar dengan visi Unggul Spiritual, Iptek, Berbudaya Nusantara dan Berwawasan Global.
Sekolah mulai menerima peserta didik baru pada tahun pelajaran 2012/2013 dengan tiga program keahlian yaitu: paket keahlian Nautika Kapal Niaga, Keperawatan dan Teknologi Pengolahan Hasil Pertanian. Jumlah peserta didik saat ini adalah 324 orang termasuk 12 peserta didik inklusi, 12 peserta didik program Afirmasi Papua terbagi dalam 12 rombongan belajar dan guru sebanyak 43 orang serta tenaga administrasi sekolah sebanyak 7 orang. Sekolah ini memiliki tiga (3) ciri khas yaitu berbasis Taruna, berbasis Imtaq dan berbasis Lesson Study. Pendidikan berbasis taruna bertujuan untuk membentuk peserta didik memiliki sikap jujur, disiplin dan bermental tangguh serta bertanggung jawab. Seluruh peserta didik memakai seragam taruna, melaksanakan kegiatan ketarunaan yang diakhiri dengan diklat ketarunaan sebelum mendapatkan pengukuhan sebagai anggota taruna SMK Negeri 13 Kota Malang.
Pendidikan berbasis Imtaq bertujuan untuk membentuk akhlaq mulia, dilaksanakan melalui beberapa kegiatan antara lain: pembiasaan tartil Al- Qur’an setiap hari setelah melaksanakan kegiatan apel pagi yang dipantau melalui buku pedoman ibadah Al Kayyis sehingga setelah tiga tahun bersekolah, siswa telah khatam al Qur’an. Pada saat istirahat pertama siswa melaksanakan sholat dhuha berjama’ah dan pada saat istirahat kedua siswa melaksanakan sholat dhuhur berjamaah. Setiap Jum’at dilaksanakan kegiatan tutor sebaya membaca al Qur’an, sholat Jum’at bagi siswa putra dan siswa putri mengikuti kegiatan keputrian. Setiap awal bulan Islam seluruh peserta didik, guru dan tenaga administrasi sekolah melaksanakan khotmil (khataman) Al-Qur’an dan istighosah. Setiap tiga bulan sekali dilaksanakan kegiatan istighosah bersama seluruh siswa, guru dan orangtua siswa.
Pendidikan berbasis Lesson Study bertujuan untuk memberdayakan peserta didik belajar, meningkatkan kualitas guru dalam memberdayakan siswa belajar. Kegiatan ini dilaksanakan secara terjadwal dalam pembelajaran di kelas dan melalui kegiatan ini dilaksanakan pula penilaian kinerja guru (PKG) dan pengembangan keprofesian berkelanjutan (PKB).
Sekolah ini merupakan satu-satunya sekolah kejuruan di Kota Malang yang memiliki paket keahlian Nautika Kapal Niaga. Dalam menjalankan program ini terdapat persyaratan khusus yang harus dipenuhi oleh sekolah baik dari segi kurikulum, input peserta didik, tenaga pendidik maupun sarana prasarana. Kurikulum yang digunakan adalah kurikulum dari Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan dan kurikulum IMO (International Maritime Organization) – suatu kurikulum Internasional yang disusun berdasarkan Konvensi Manila 2010. Input peserta didik adalah lulusan SMP/MTs yang telah lolos tes dari rumah sakit yang ditunjuk oleh Kementerian Perhubungan yaitu PHC (Port Health Centre) dan memiliki kemampuan yang baik pada mata pelajaran Matematika dan Fisika. Peserta didik menempuh pendidikan selama tiga (3) tahun di SMK dan setelah lulus melaksanakan praktik berlayar selama satu (1) tahun sebelum menempuh uji kompetensi pelaut untuk mendapatkan sertifikat ANT- IV. Demikian pula tenaga pendidik harus memiliki kompetensi keahlian sebagai Ahli Nautika III (ANT-III). Demikian pula sarana prasarana untuk mendukung pembelajaran pada program keahlian ini harus memenuhi delapan (8) Standar Nasional Pendidikan yang ditetapkan oleh Menteri Perhubungan.
Pengembangan sumber daya manusia baik peserta didik maupun tenaga pendidik dan kependidikan menjadi perhatian utama bagi kepala SMK Negeri 13 Kota Malang Andri Kusdarmanto, M.Pd. Untuk mendukung visi berwawasan global maka terdapat berbagai program kegiatan yang telah direalisasikan antara lain menjalin kerjasama dengan banyak college di Thailand dan melakukan pertukaran pelajar dengan salah satu college di Thailand yaitu Lopburi College of Agriculture and Technology yang dilaksanakan pada bulan Januari 2014 selama dua bulan yang diikuti oleh 13 peserta didik dari program TPHP dan Keperawatan. Pengembangan tenaga pendidik diwujudkan dengan keikutsertaan kepala sekolah dan dua guru Biologi dalam konferensi Internasional Wals 2014 (World Association of Lesson Study) sebagai pemakalah yang diselenggarakan di Universitas Pendidikan Indonesia pada tanggal 25 – 27 Nopember 2014.