Adapun Lokasi awal sekolah ini di jalan Perumahan Villa Bukit Tidar No. 100, Merjosari, Kec. Lowokwaru, Kota Malang, kemudian berpindah di lokasi yang berdekatan yaitu tepatnya di Jl. Perumahan Villa Bukit Tidar Blok A2 No.13, Merjosari, Kec. Lowokwaru, Kota Malang. Sekolah ini diresmikan oleh Walikota Malang H. Moh Anton pada tanggal 6 November 2012 dan tanggal tersebut merupakan hari jadi SMKN 13 Malang. Ketika awal berdiri, SMKN 13 Malang memiliki 3 jurusan yaitu Nautika Kapal Niaga (NKN), Teknologi Pengolahan Hasil Pertanian (TPHP) dan Keperawatan (KPR). Pada tahun 2018 dibuka jurusan baru yaitu Multimedia.

        Ada beberapa kali pergantian Kepala Sekolah di SMKN 13 Malang, sedangkan Kurikulum yang digunakan adalah KTSP (Kurikulum Satuan Pendidikan) dan kemudian menggunakan Kurikulum 13 serta yang terbaru adalah Kurikulum Merdeka yang memasuki tahun kedua pelaksanaannya.Dengan diberlakukannya Kurikulum Merdeka pada tahun 2021 – 2022 maka ada perubahan Jurusan, Keperawatan menjadi Asisten Keperawatan dan Caregiver, Teknologi Pengolahan Hasil Pertanian (TPHP) menjadi Agribisnis Pengolahan hasil Pertanian (APHP), dan Multimedia menjadi Desain Komunikasi Visual.

        Sekolah ini adalah satu-satunya sekolah yang memiliki jurusan Nautika Kapal Niaga di Kota Malang yang mempersiapkan tarunanya untuk menjadi anak buah kapal (bukan kapal penangkapan ikan). Materi dan keahlian yang dipelajari di kelas meliputi fungsi navigasi, fungsi pengaturan dan penanganan muatan, pengendalian operasional kapal serta penanganan personil di kapal. Sedangkan jurusan TPHP (Teknologi Pengolahan Hasil Pertanian) atau APHP mempelajari pemanfaatan teknologi untuk mempermudah dan meningkatkan kualitas serta kuantitas pengolahan hasil pertanian. Fungsi pengolahan harus pula dipahami sebagai kegiatan strategis yang menambah nilai dalam mata rantai produksi dan menciptakan keunggulan kompetitif. 

      Untuk jurusan Keperawatan mempelajari layanan yang ditujukan bagi pasien yang memerlukan bantuan alat medis atau pasien yang menggunakan peralatan ICU khususnya pada pasien dengan perawatan End of Life Care, Kebutuhan Dasar Manusia, Ilmu Penyakit Diagnostik dan Keterampilan Dasar Tindakan Keperawatan. Dengan berubahnya Jurusan Keperawatan Medis menjadi Asisten Keperawatan dan Caregiver, maka ada beberapa tambahan materi yang dipelajari di jurusan ini yaitu Perkembangan Teknologi dan Isu-isu Global di bidang Layanan Kesehatan, Profil Healthpreneur, Job Profile, dan Peluang Usaha/Bekerja di bidang Layanan Kesehatan, Proses Bisnis Menyeluruh bidang Layanan Kesehatan, serta Ilmu Penyakit Umum dan Kejiwaan sesuai Tahapan Usia. Multimedia yang mempelajari Simulasi dan Komunikasi Digital, Sistem Komputer, Komputer dan Jaringan Dasar, Pemrograman Dasar, Dasar Desain Grafis, Desain Grafis Percetakan, Animasi 2D dan 3D, Produk Kreatif Kewirausahaan, Desain Media Interaktif, dan Teknik Pengolahan Audio dan Video.

       Sekolah juga bekerja sama dengan Provinsi Papua dan Papua Barat khususnya pendidikan menengah dirancang dalam suatu program khusus berupa program keberpihakan atau Afirmasi Pendidikan Menengah (ADEM). Program ini telah dilaksanakan sejak tahun 2013 sampai sekarang.Selain siswa reguler dan siswa ADEM, sekolah juga menyelengarakan Pendidikan Inklusif untuk jurusan Multimedia/Desain Komunikasi Visual dan Agribisnis Pengolahan Hasil Pertanian (APHP). Program Inklusif dilaksanakan sejak sekolah ini berdiri, yaitu tahun 2012. Salah satu keunggulan dari SMKN 13 adalah berbasis TARUNA yang menekankan pengembangan karakter, kepemimpinan dan mendorong siswa menjadi individu yang disiplin, jujur dan bertanggung jawab.